En septiembre de 2008 le diagnosticaron Cancer de mama a lo cual respondió permanentemente con mucho ánimo y deseo de seguir viviendo hasta el final, razón por la cual se sometió a todos los tratamientos necesarios por el valor profundo y entusiasmo por la vida en general.

Rafaela falleció el 23 de Julio de 2012 a las 2:00 p.m. alrededor de su Esposo, hijos y el Capellán de la institución mientras oraban pidiéndole a nuestro Padre Creador hacer una fiesta en el cielo por su llegada.
Durante sus exequias, celebradas en la Catedral San Jerónimo de Montería, la alcaldía de Montería le rindió un homenaje póstumo. Le otorgó la medalla "Antonio de la torre y Miranda" y un pergamino según decreto No 0375 de 2012 por medio del cual se Honra la Memoria de una Ilustre Mujer. Igualmente docentes, egresados, estudiantes y padres de familia de la institución le rindieron homenaje a través de palabras que definen su ser y su filosofía de vida; su síntesis Bíblica acerca de la Palabra de Dios: "Soy el mejor para bien de los demás".

A su velorio asistieron más de 4.500 personas y durante la eucaristía de sus exequias 12 sacerdotes y un promedio de 2.200 personas.